Pembayaran SPP Universitas Islam Indonesia dapat dilakukan melalui beberapa loket Bank yang terdapat di lingkungan Kampus UII, yaitu Bank Mandiri, Bank Bukopin, Bank Syariah Mandiri, dan Bank Muamalat. Berikut adalah penjelasan pembayaran melalui Bank Muamalat dan Bank Mandiri.

Pembayaran SPP UII melalui Bank Mandiri dapat dilakukan melalui 3 cara yaitu

▶Melalui Teller◀
1. Mahasiswa UII datang ke kantor Bank Mandiri terdekat.
2. Kolom pertama diisi dengan Universitas Islam Indonesia.
3. Kolom kedua diisi kode Universitas 10011 (kode UII).
4. Kolom ketiga pada isian NIU dimasukkan NIM.

▶Melalui ATM◀
1. Pilih Menu pembayaran/pembelian.
2. Pilih Multi Payment.
3. Masukkan kode Universitas UII: 10011 kemudian tekan “BENAR”.
4. Pada isian NIU dimasukkan NIM/No. Peserta dimasukkan NIM tekan tombol “BENAR”.
5. Layar akan menampilkan jumlah pembayaran saudara kemudian tekan “1” jika data telah sesuai.
6. Untuk melakukan eksekusi tekan “Ya”, untuk pembatalan tekan “Tidak”.
7. Transaksi telah selesai. Data pembayaran akan secara otomatis tercetak pada Resi (Struk) ATM.

▶Melalui Internet Banking◀
1. Lakukan LOG-In ke situs http://www.bankmandiri.co.id/dengan user Id dan PIN Internet Banking Bank Mandiri Saudara.
2. Pada Menu Utama, pilih menu “Pembayaran” kemudian pilih menu “Multipayment”.
3. Pada combobox “Dari Rekening”, pilih rekening saudara yang akan digunakan untuk bertransaksi.
4. Untuk Penyedia Jasa masukkan kode Universitas UII: 10011.
5. Pada isian NIU dimasukkan NIM/No. Peserta dimasukkan NIM.
6. Kemudian klik lanjutkan kemudian layar akan menampilkan jumlah pembayaran saudara kemudian cantumkan tanda (v).
7. Jika data telah sesuai, klik tombol “Lanjutkan”.
8. Masukkan PIN MAndiri (6 Digit) yang diperoleh dari token PIN MAndiri lalu klik tombol “Kirim”.
9. Tunggu respon dari internet banking untuk status transaksi. Jika berhasil, saudara akan mendapatkan no. Transaksi.